修道院で暮らす15歳の少年・奥村燐。進路の悩みを抱えつつも、極平穏に日々を暮らしていた燐に、ある日転機が訪れる。養父・獅郎に送り出されてバイトの面接に向かった燐の前に、悪魔に憑依された男・白鳥が現れたのだ。白鳥からの襲撃を受け危機に瀕したその時、燐の体から青い炎が噴き出す。突然のことに戸惑い、混乱する燐のもとに駆け付けた獅郎により窮地を救われるものの、獅郎から告げられたのは「燐は悪魔の王・魔神(サタン)が人間に産ませた魔神の息子である」という衝撃の事実だった。
燐の覚醒を知った獅郎は、燐を魔神から匿おうとするが、一瞬の隙をつかれ魔神に体を乗っ取られてしまう。人間の住む世界「物質界（アッシャー）」と悪魔の住む世界「虚無界（ゲヘナ）」を繋ぐ｢虚無界の門（ゲヘナゲート）｣を開き、燐を｢虚無界｣に連れ去ろうとする魔神。燐は、獅郎から渡された、自らの悪魔の力が封印された降魔剣「倶利伽羅」を抜いて青い炎を解き放ち、辛うじて｢虚無界の門｣の撃退に成功する。しかし、魔神に体を乗っ取られた獅郎は、燐を守るために戦い、命を落としたのだった…。
己の無力さを悔やんだ燐は、獅郎の仇を討ち、己の存在を証明するために祓魔師になる事を決意する。

雪男の懸念通り、悪魔の息子である燐を危険対象として敵視する祓魔師は後を絶たない。塾生達が候補生認定試験の為の合宿を行った際も、雪男は祓魔塾の講師であるネイガウスが燐に対して強い敵意を持っている事に気づく。ネイガウスは、魔神が16年前に世界中の聖職者を大量虐殺した事件「青い夜」の生き残りで、魔神を強く恨んでいた。ネイガウスの過去を知り、あえて攻撃を受け負傷する燐。高い治癒力があるため大事には至らなかったものの、自己を犠牲にした戦い方をする燐を見て、雪男は燐の戦い方が魔神の力に頼り過ぎていると指摘する。この件以降、雪男は燐が魔神の力を使う事に強く反対するようになる。 奥村兄弟の新しい後見人となったのは、正十字学園の理事長であり、正十字騎士團日本支部長でもあるメフィスト・フェレスだった。彼の手引きで双子の弟・雪男と共に正十字学園に入学した燐は、「魔神の落胤であることは秘密」とメフィストに厳しく釘を刺され、祓魔師の養成機関・祓魔塾へ通うことに。自分が悪魔の息子であることで弟に迷惑はかけられないと強く誓う燐だったが、塾の講師として現れたのは、何と弟である雪男だった。雪男が祓魔師であること、燐が悪魔の息子であると雪男が昔から知っていたこと。何も知らなかったのは燐だけであり、養父を殺したのは兄さんだ、と糾弾する雪男に、燐は己の素直な気持ちを伝える。｢どうして祓魔師になろうと思ったの｣と問う雪男に、｢ただ強くなりたい｣と答える燐。その答えに込められた燐の強い想いを受けて、雪男は燐が祓魔塾の塾生となる事を認めたのだった。

祓魔塾での訓練を経て、個性の強い塾生同士もだんだんと打ち解け始め、燐には初めて友達と呼べる存在が出来た。そんなある日、夏休みを迎えた燐たち候補生は、学園の森林区域で林間合宿を行うことになる。合宿は実戦任務への参加資格を懸けた選抜テストも兼ねており、与えられた課題は仲間と協力しないと達成出来ないものだった。それまではなんでも一人で解決しようとしていた燐だが、仲間の大切さを知り、自分の炎を優しいことのために使いたいと思うようになる。無事課題を達成し、キャンプ地に戻った燐たちだったが、突如現れた上級悪魔である地の王・アマイモンの襲撃を受けてしまう。アマイモンの目的は、燐に悪魔の力を使わせること。仲間の窮地を目にした燐は、皆の前で降魔剣を抜き、炎の力を使ってアマイモンに対抗する。アマイモンの撃退に何とか成功するものの、魔神の落胤であることが周囲に知られてしまった燐は、正十字騎士團に祓魔対象として捕らえられてしまう。そして、裁判に掛けられ一度は処刑を宣告されるが、半年後の祓魔師認定試験に合格することを条件に、現在は処分保留となっている。

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